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从1999年起，中国科技发展战略研究小组每年推出一本《中国科技发展研究报告》。每年的报告分为两个部分，第一部分为“中国科技发展评述与展望”，对已经过去的一年中我国科技发展的重点、热点事件进行剖析，第二部分为选定的主题报告。过去五年选定的主题报告依次是：《国家创新系统》、《科技全球化及中国面临的挑战》、《中国技术跨越战略研究》、《中国制造与科技创新》、《全面建设小康社会的科技发展战略问题研究》。《中国科技发展研究报告（2004—2005）》确定的主题报告是《军民融合与国家创新体系建设》。本文扼要介绍了该主题报告的基本框架结构与主要观点。
一、基本思路：从“军民结合”到“军民融合”
国内最早提出“军民结合”的概念可以追溯到20世纪50年代，“军民结合、平战结合”战略思想发端于毛泽东。1978年，邓小平提出国防科技工业要“军民结合”。《中华人民共和国国民经济和社会发展第十个五年计划纲要》中明确规定，把“坚持军民结合，寓军于民，大力协同，自主创新，建立适应国防建设和市场经济要求的新型国防科技工业体制”和 “发展军民两用技术”作为“十五”期间我国国防科技工业改革的总要求。党的十六大报告提出：“深化国防科技工业体制改革，坚持寓军于民，建立健全竞争、评价、监督和激励机制，增强自主创新能力，加快国防科技和武器装备发展。”
“军民结合”是我国改革开放以来国防科技工业改革与发展的总方针，最初是指国防工业和民用工业的结合，后来发展到国防科技与民用科技的结合。这一提法，从1978年以来沿用至今，与二十多年来的我国经济体制的改革特征和我国科学技术发展规律是吻合的。 （科教范文网http://fw.ΝsΕΑc.com编辑）
我们认为，“军民融合”的内涵主要包括：发展军民两用技术，实现军民两用技术的商业化和产业化；加强军民双向技术转移；在国防采办全过程推进军民一体化；在部门管理层次上推进军民一体化；在产业链分工层次上推进军民一体化等。本主题报告所指的“军民融合”，是“军民结合”向更高层次、更广范围和更深程度的发展，是实现“寓军于民”目标过程的重要历史阶段标志；与“军民结合”的提法相比，它更加强调国防创新系统和民用创新系统的有机结合，对有关管理体制和运行机制的改革要求更高，更加强调适应我国下一步经济体制、政治体制的改革走向以及世界科学技术的发展趋势；建立军民融合的国家创新体系，是“军民结合、寓军于民”方针在国家创新体系建设中的体现和贯彻；建设军民融合的国家创新体系，是当前以及2020年前国家创新体系建设的战略重点。
我们认为，必须以系统的、非线性的、历史的观念考察我国国家创新体系，在国家创新体系的框架下分析国防创新系统与民用创新系统之间的关系。国家创新体系是各国历史发展的产物。世界上不存在国家创新体系的最优模式。仅用一个模型分析国防创新系统与民用创新系统之间的关系是不够的。借鉴国内外相关研究，我们提出了5个不同的模型和示意图，从不同视角来理解和分析军民融合的国家创新体系。我们强调的核心理念是，要避免形成军用、民用两个分离的工业基础和科技基础，并且通过管理体制和运行机制的调整，最大程度地促进军用和民用工业基础的一体化，促进科学和技术基础的一体化；同时，尽可能利用经济全球化和科学技术全球化提供的机遇，获取我国现代化建设所需的科学技术知识、工业制造技术。政策设计的出发点就是在国家高度，统筹兼顾，配置资源，力争用“一份投入”获得“两份产出”，同时提高国家安全和国家经济社会发展两个方面的绩效。我国国防创新系统与民用创新系统面临的国际研究与发展环境有很大的不同。美国和欧盟是世界上国防研究与发展水平最高的地区，也是绝大部分国防科技创新的源头。但是它们对我国军事装备及其技术的出口采取了严格控制的做法。自主创新一直是我国国防创新系统最核心的本质要求。
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二、从军民结合的视角考察我国国家创新体系的发展历程和经验教训
从军民结合的角度，可以将新中国国家创新体系建设的历程按三个时期来划分：国防建设为重点的时期（1949—1977年），国家科技体制改革起步、积极推进“军转民”时期（1978—1991 年），以及全面推进军民融合国家创新体系建设时期（1992年以来）。上述各个时期我国国家创新体系的特征，以及国防创新系统在国家创新体系中的地位作用不尽相同。
国防建设为重点的时期（1949—1977年），即新中国成立到改革开放之前的一段历史时期，可以称为“计划经济体制下军民分离的高度集中管理时期”。这一时期我国政府和理论界都没有“国家创新体系”的提法，但是，为了历史地考察问题，我们姑且将这一时期理解为“国家创新体系的初建时期”。这一时期，我国国家创新体系的突出特征是：以国防建设为重点，国家创新体系在极其薄弱的基础上发展到一定规模，在实现国家目标方面取得非凡的绩效；政府实施高度的计划调节和集中管理；创新体系的部分要素缺位，真正意义上的中介组织基本上不存在；大学、企业和科研院所处于被动和相对封闭的状态，而且价值取向单一，行为规律单纯；国防创新系统与民用创新系统基本处于分离状态。这一时期的国家创新体系是一个与我国经济和社会发展失调、与外部世界基本隔绝的“封闭型超稳定结构型”体系。这一时期，国防创新系统在国家创新体系中占有资源配置上的优势地位。政府部门既是制定军事装备研制生产的权力机构，又是国防科技和军事装备规划计划得以落实的组织者、保障者。同时，代表国家作为军事装备的投资人，又是军事装备研制生产的监督、管理和仲裁机构。政府部门既行使行政职权，又担任着从宏观到微观的多重经济职能。国防科研生产单位只是政府部门的行政附属物。在“全国一盘棋”式的统一安排、分工负责机制下，我国国防科技工业取得了巨大成就。国防科技工业门类从无到有并发展到基本齐全，“两弹一星”研制取得历史性成就，常规武器实现了从仿制苏制装备到自行研制的跨越发展。但是，由于国防科研生产单位长期被动服从单一的指令性计划，这一体制的弊端逐渐显现出来。国防科研生产单位的“ 手脚”受到束缚，“等、靠、要”的思想十分严重。随着“文化大革命”的结束和军工规模的削减，对国防创新系统的改革成为历史的必然。