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因此，否认的科学性或把意识形态性与科学性对立起来都是错误的。马克思主义的科学性与学科性是统一的。因为马克思主义的学科性，强调的是其科学性，而不是其学派性。我们强调马克思主义的学术性与西方马克思主义的区别，是要强化其地位，是要为其进一步发展服务的，决不是要将其科学性、学术性与意识形态性对立起来。考虑到中西方的不同，加强学科的理论建设是建立具有中国特色马克思主义学科体系的关键。作为指导思想的马克思主义是科学的，没有科学基础的马克思主义不是真正的马克思主义。马克思主义是一门科学和马克思主义是一门学科，二者既有区别，也有联系。前者是从性质、内涵和基础上说的，后者是从作用、外延和学理上说的。但这两方面都从根本上强化了马克思主义科学的内涵。
2．马克思主义理论学科建设目的目标的“一”
根据《中共中央宣传部部关于进一步加强和改进高等学校思想理论课的意见》，“学科建设是加强和改进高等学校思想政治理论课的基础。思想政治理论课教育教学所依托的学科是我国特有的一门政治性、科学性和实践性很强的学科，只能加强，不能削弱。设立马克思主义理论一级学科，为推进党的思想理论建设和巩固马克思主义在高等学校教育教学中的指导地位，为加强高校思想政治理论课建设，培养思想政治教育工作队伍提供有力的学科支撑。要不断学科发展经验，探索马克思主义理论学科发展的规律，努力建设研究对象明确、功能定位科学的马克思主义学科体系。”这就明确了马克思主义理论学科建设的直接目的目标，即：“为加强高校思想政治理论课建设，培养思想政治教育工作队伍提供有力的学科支撑”。这一点，从“中国近现代史基本问题研究”二级学科的增设看得更清楚。最近，根据《国务院学位委员会教育部关于增设“中国近现代史基本问题研究”二级学科的通知》(学位[2008]15号)文件精神，在《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》中马克思主义理论一级学科下增设了“中国近现代史基本问题研究”二级学科，这就为进一步加强和完善马克思主义理论一级学科建设，逐步形成研究对象明确、功能定位科学的马克思主义理论学科体系，特别是为进一步强化高等学校思想政治理论课“中国近现代史纲要”课程功能和教师队伍建设，提供了新的平台和新的增长点。
3．马克思主义理论学科建设必须坚持整体化要求
马克思主义发展史表明，马克思主义在理论发展上遭受的曲折，原因一般都在马克思主义的整体性遭受了破坏。以往那种由学科设置造成的马克思主义的分散存在，是“肢解马克思主义”的不自觉的形式，并由此产生一种“泛马克思主义”观念。这种观念就是把马克思主义学科与非马克思主义学科的界限相对化(其结果必然是马克思主义相关学科的边缘化)。从马克思主义的影响及其发展来说，马克思主义向各个学科的广泛渗透(不管这种渗透性是强还是弱)应该说是一种积极现象，它毕竟是马克思主义的影响的扩大，既有利于各个具体学科的发展，也有利于马克思主义的发展。马克思主义在这种学科渗透中从这些学科的发展中吸取营养。但是，马克思主义的这种学科性的分散存在(即便它表现为一种全面性的分散存在)，它与马克思主义的综合性、整体性存在不是一回事。而这种马克思主义的分散性和广泛渗透性存在，又往往成为马克思主义整体性存在的抵抗因素，因而也就成为我们在理论上和学科设置上提出马克思主义整体性要求的原因。
马克思主义理论一级学科的设立，为我们从整体性上研究和把握马克思主义，为整体推进马克思主义理论的发展创造了条件。但是，从目前马克思主义理论学科建设的实际来看，仍然要注意处理好两个关系：一是马克思主义理论学科与在马克思主义指导下形成的、现行学科目录中事实上已作为单独建制的学科或领域(如马克思主义、马克思主义学、马克思主义学、马克思主义教育学、马克思主义史学、马克思主义文艺学等)的关系，二是作为马克思主义理论一级学科主干研究领域的“马克思主义基本原理”与在学科目录中已有自己位置的马克思主义、马克思主义政治学、科学等二级学科的关系。作为“马克思主义基本原理”，不能将上述各个学科的全部内容都纳入其中，不能是上述几个组成部分的简单组合；更重要的是，马克思主义基本原理作为“严整而完备”的科学体系和学科体系，有其自身的内在结构，应当是整体化的、内部各方面有机联系的、揭示事物本质的“规律群”体系。这是通常所说的那几个主要组成部分一般性“加起来”所做不到的。
4．学科建设的规范和标准的统一
早在2006年6月，国务院学位委员会就设立了“关于开展马克思主义理论一级学科建设和人才培养方案研究”项目(“学位(2006)21号”)，此项目的研究任务，就是依据《中华人民共和位条例和暂行实施办法》的有关规定，根据国务院学位委员会、教育部《关于调整增设马克思主义理论一级学科及所属二级学科的通知》的精神，结合当前马克思主义理论学科建设的实际及发展趋势，重点研究马克思主义理论学科建设的现状及其基本理论问题、研制马克思主义理论一级学科所属各二级学科硕士研究生和博士研究生培养方案等。这一项目的已有成果已经在马克思主义理论学科建设中发挥了重要作用。