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2008年, 全社会研究和试验发展经费占全区生产总值的比重为0.38%, 而同期全国的平均水平为1.54% 。2007年新疆高技术产业增加值占GDP的比重为0.14%, 比全国平均水平低7.86%, 新产品的产值率为1.18%, 比全国平均水平低8.42个百分点。在全国60个高新技术开发区主要指标的统计中, 国家级高新区平均高新技术企业数、总产值、总收入、出口总额分别为8772个、878 亿元、1100 亿元和33.6 亿元(美元) , 而同期乌鲁木齐高新区的数据只有208个、130亿元、160亿元和7亿美元。远远低于全国平均水平。究其原因, 一是核心技术水平不高。
目前新疆关键技术设备达到和接近国际先进水平的不到15%, 2 /3的设备属于国内一般水平和落后水平, 有超过99% 的企业没有申请专利, 技术创新活动主要集中在大型企业及部分高新技术企业, 不到20%。二是消化吸收再创新能力薄弱。强调自主创新, 并不意味着闭门造车 。
同时, 技术引进也不能忽略消化吸引和再创新能力的培养。引进来是为了提高自主创新能力, 增强本土的竞争力, 是为了拥有自主知识产权品牌, 更好地走出去。但新疆的技术的消化吸收工作严重滞后于技术引进。很多企业盲目追求技术引进, 而对后续的吸收、创新工作置若罔闻。
先进设备引进后空置的现象已经不是什么新鲜事, 技术引进中的不足和消化吸收不良, 对于自主创新能力的成长意义不大, 引进来没有成为企业走出去的强劲动力, 反而可能成为阻碍自主研发的绊脚石。三是创新人才缺乏。创新人才的数量及素质直接决定着自主创新能力的高低, 直接决定着科学技术向现实生产力的转化速度, 直接影响着新疆经济发展方式的转变。目前, 新疆从事科研活动的人员合计为3.9万人, 全国31个省、直辖市、自治区平均为16万人, 新疆的创新人才, 尤其是科研人员、高技能人才严重匮乏,和发达地区相比差距较大。!
新疆自主创新存在的另一个最主要问题就是, 自主创新效率低下。首先, 自主创新成果转化率低。自主创新成果转化率的高低, 在很大程度上左右着新疆产业的总体生产技术水平。考察研究成果转化的一个最基础的指标就是各级技术计划项目进入技术市场的情况, 2008年, 新疆各级技术计划项目2536 项, 进入技术市场的国家计划项目只有3项、部门项目107 项、自治区项目59项, 转化率不足10%。而这些成果在生产中能得到稳定使用最后形成产业化的不到5% 左右。如果从产业化的角度看, 这些闲置的技术成果尚未完成或尚未完全完成技术创新的全部过程。这种现象, 无论是对于企业或是对于新疆来说, 都意味着科技资源的浪费。企业的自主创新成果转化率低, 而高校作为自主创新的重要基地, 其绝大部分科研成果也不能变现为生产力。目前高校科研转化率低于10%, 也就意味着有90%以上的科研资源被浪费, 科研成果中的绝大部分只能停留在文字、理论阶段, 根本就不能转化成现实的生产力, 造成国家资源的严重浪费。其次, 自主创新成果的转化速度慢。自主创新对生产力推动作用的发挥程度, 还取决于自主创新成果的转化速度。如果我们的自主创新成果不能迅速地转化为现实生产力, 很可能使新技术带来的社会效益相当于零。由于新疆科技成果转化意识不强, 科技成果本身存在不成熟、与市场不接轨, 转化资金不到位, 政府职能缺位等多种原因制约, 导致新疆科技成果转化速度较全国来说更为缓慢。再次, 自主创新成果质量不高。自主创新成果的质量, 是衡量自主创新效率的重要标准之一。新疆自主创新成果质量不高,专利申请中技术含金量高的发明专利较少。如在2008年新疆共受理专利申请2412项, 其中技术含金量高的发明专利482项, 仅占19.9%, 批准专利1493项, 其中发明专利82 项, 仅占5.5%。除去发明专利, 剩下的都是技术含量不高的实用新型和外观专利, 有核心竞争力的发明专利数量则更少。最后, 自主创新贡献率不高。