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(二)化的模式使得司法的独立性受到限制
司法独立是实现司法公正的前提条件，同时又是司法公正的重要表现。因为只有实现司法独立，可法人员才能在内心和行动上完全独立自主地行使职权，依照自己的经验，对事实证据的认定，对的理解，在不受其他外来因素干扰的前提下，在自己良心的基础上，才有可能作出公正的判决。公正的判决会给当事人心服口服，从而树立司法权威，提升司法公信力。1959年，学家会议《法治宣言》也提到司法独立是实现法治的前提。司法机关在行使职能时不受行政和立法机关的干预，但法官不得假独立之名而行专断之实。同时通过法官在任期内行使权力时，不可有不利于他的调职及法官任期乃终身制等制度维护司法独立。
WTO规则也要求强化司法机关的独立性。我国加入WTO后，为监督政府行为，实现WTO规则与我国法律的接轨，更应强调维护司法独立，因为强化司法体制及其运行模式的独立性为确保司法对行政的干预起到制衡的作用；而且“如果法院能够使世人和自己相信，其做出的裁判并未受到各种有损于原则的联系的腐蚀，他的权威源于某种独有的权能……为了坚持和维护这种权能，他必须把要求指向机构自治——司法独立。”但是，在我国，根据政府统管财权的原则和体制，司法机关的经费均由同级人民政府进行预算，报经同级人大审议通过后，由政府部门划拨。而“就人类天性而言，对某人的生活有控制权，等于对其意志有控制权。”财政上的不独立，使得司法机关只能听命于同级政府及其财政机关，国家的法院逐渐变成了地方的法院，难以实现对行政机关违法行为的审查。就司法机关的人事权来说，法院从行政职务到职务，法律规定由同级人大及其常委会选举任命，但实际上是由地方党委及其组织部门掌握了决定性的推荐权，使得法官在办案时，不得不考虑党政领导的意见，在国家利益和地方利益发生冲突时，往往以维护地方利益为本位，导致司法机关的工作较多地受到地方利益或人大权力的干预。法官作为司法审查的具体行为人，由于司法审判工作长期以来按照行政化模式构建和运行，带有浓厚的行政色彩，影响了法官办案的独立性。如：院长、庭长审批案件制度、审判委员会制度、案件请示制度、错案追究制等，严重束缚了法官的手脚，使得法官为了躲避责任，案件不论大小均向审判委员会请示，造成“审者不判，判者不审”的现象，同时，也使得当事人回避、当面陈述等权利难以实现，审判公开制度成为虚设。
(三)司法审查对象的范围狭窄，标准单一
（转载自中国科教评价网www.nseac.com ）
三、完善我国司法审查制度的设想
(一)严格司法权与行政权权能的范围
在国家权力结构中，司法权与行政权虽然同属执行权，但司法权以判断为本质，是判断权；行政权以管理为本质，是管理权。判断是一种认识，判断性决定了司法机关必须是针对已经发生的纠纷做出真与假、是与非、曲与直的结论；管理是一种行动，管理性决定了行政机关有权做出组织、管制、警示、命令、劝阻、服务、准许、协调等行动。所以，行政机关无权对纠纷进行最终的处理只有司法机关才拥有纠纷的最终解释权。即正确区分司法职能和行政职能的界限的关键在于，纠纷的最终解决权应由司法机关行使。WTO规则也规定行政机关没有最终解决纠纷的权力。 （科教作文网http://zw.nseAc.com）
目前，在我国，对于发生在行政管辖范围内的行政纠纷(如发布禁令、对违反行政义务的处罚权)或具有专业性、技术性的纠纷(如专利权、商标权等)行政机关有权进行处理。为了避免行政机关自己制定规范性文件自设纠纷裁决权，严格限制行政行为的随意性，对行政机关的自由裁量权要实行普遍的司法控制，并与WTO规则相接轨(如《与贸易有关的知识产权协议》第4l条第4款规定，对于行政的终局决定，诉讼当事人应有机会提交司法当局审查)，同时考虑到我国的具体情况，在处理行政裁决争议与司法裁决纠纷的关系时，应确立“司法权拥有最终裁决权”的原则可以在司法裁决之前进行行政裁决解决争议，但当事人对行政裁决不服的，应有权寻求司法救助。