遗传密码表是完全错误的(4)
2014-07-28 01:14
导读：X+X+Y生成物1 对X重复 X+X+X生成物唯一 X+X+Y生成物2 X+X+Y生成物3 Y+Y+X生成物1 对Y重复 Y+Y+Y生成物唯一 Y+Y+X生成物2 Y+Y+X生成物3 CUC亮,UCC丝;可以明显分为UUU苯丙对
X + X + Y →生成物1
对X重复 X + X + X →生成物唯一 X + X + Y →生成物2
X + X + Y →生成物3
Y+ Y + X →生成物1
对Y重复 Y + Y + Y →生成物唯一 Y + Y + X →生成物2
Y + Y + X →生成物3
CUC亮,UCC丝;可以明显分为UUU苯丙对U元素三次重复,CCC脯对C 元素三次重复,UUC苯丙、CUU亮、UCU丝等对U二次重复，CCU脯、CUC亮、UCC丝等对C二次重复。各类反应中，生成物的种类数与反应物种类的平面内单一方向上的排列数相等。由此可得出结论：Crick 43 密码表中具有重复元素的密码子，在“氨基酸意义破译实验”中，同样具有生成物的种类数与反应物种类数的单向排列一一对应的关系。由此推论：对DNA的四种碱基中任二种碱基选n重复排列2n 情况下，生成物的种类数与反应物的种类数的单向排列数相等。将X，Y定义为两种碱基分子，规定n≤20，生成物1、2、3…n定义为具体的氨基酸分子（而不是肽链），则2n反应发生表同样是一个从DNA分子到蛋白质分子的遗传密码表。而这张2n遗传密码表的密码子n联性，直接与Crick 43 密码表的密码子三联性和三联唯一性相矛盾。— 所以，只能说 43 密码表中40个含重复碱基的密码子破译实验有问题，或者说，关于该类密码子的实验的描述方式错误。
（四）将43 密码表中全部192个碱基分子化学连接起来与64个（含起始与终止信号）氨基酸单位化学连接而成的肽链对应，可写出总反应式如下：U+U+U+A+U+G+…+G+G+G→Phe +Phe+ Ala +Leu+ …+Gly。从反应机制看，核苷酸链可视为由192个反应基组成的大分子，肽链可视为由64个反应基组成的大分子，而这个反应发生的原理是：反应物上的任意相邻三个反应基按照平面直线方向上的顺序决定生成一个生成物相应位置的基团，且非常专一。那么，我们得出结论：这样的反应，不是化学上讲的自然发生的反应，只能是人工制造的反应。我们知道，针对 43 遗传密码表中64个密码子的破译实验都是模拟生命条件下自然发生的实验，科学家们对生命遗传的化学反应推测也都是建立在自然发生反应的基础上进行推测，所以由密码表写出的总反应式永远不会在实验室里自然发生。关于密码表实验的总反应是错误反应。
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综合这里的（一）、（二）、（三）、（四）推论，我们可以毫不犹豫地说，针对Crick 43遗传密码表的实验的排列数结论是错误的。那么，如此多的重大错误究竟出在实验的哪个环节呢？笔者认为，第一个环节出在Khorana将独立分子P、Q、R三者经 —“P”— “Q”—“R”— 分子链描述成为排列 P Q R ；第二个环节出在传统化学上反应发生实验的描述方式与数学上排列数知识两者的关系问题上。
具体地说，43 密码表中64个“密码子破译实验”，在反应式描述上有如下错误：
（一）第一个密码子破译实验 U + m →苯丙氨酸，不能简单描述为 U + U + U + m →苯丙氨酸。Nirenberg（1969）在无细胞蛋白质合成体系中加入多聚尿苷酸合成出多聚苯丙氨酸的反应发生事件，没有给出尿嘧啶分子做为反应物有且只有三分子时，反应才发生的充分必要证明。况且，“UUU是苯丙氨酸的密码子”结论本身是在假设密码子是由三核苷酸联组成的设想下做出来的 [2] [5] [6]。
（二）将多聚腺苷酸和多聚胞苷酸分别注入加有14 C标记的不同氨基酸的培养液中，导致多聚赖氨酸和多聚脯氨酸的合成，在反应总式上描述为A+ m →赖 和C + m →脯 即可，不可描述为A + A + A→赖 和C + C + C →脯。前后两种描述方式在化学上的区别是：前者是泛指反应发生，后者是反应的量化要求，用杨星阳关于C、H、O、N、P、S所构物质分子加成反应通则（表达式）准确量化密码子破译实验中反应物与生成物间数量关系时，A + A +A ≠赖， C + C + C ≠脯。两种描述方式对 43 密码表的意义是：前者说明“遗传密码是单字母的”，后者说明“遗传密码是三字母的”。所以，AAA赖和 CCC 脯这两个密码子破译实验不成立。事实上，这两个密码子破译实验的排列数结论是效仿了Nirenberg“假设密码子是由三核苷酸链组成的”做法。
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（三）“GGG甘”密码子的破译途径与“AAA赖、UUU苯丙、CCC脯”的不同 [6] 和肽链合成过程中“G + G + G→H+ 反应本质”共同表明，GGG甘的“破译实验”很可能是利用成熟的肽链合成技术，进行的实验上的投机行为。对于H2N---CH---COOH给定情况下，没有G、1个G、2个G、4个G 对于反应发生的真实环境来说，1个“H+ ”的获得都不是困难的事。所以，反应总式G + G + G →H+ 完全可以描述为G →H+ 或 G + G →H+，或G + G + G + G→H+。笔者认为，“GGG甘”密码子的破译实验是没有充分反证的“破译”。
（四）U 和 G的摩尔比为0.76和0.24的共聚体中UUU、UUG、UGU、GUU、UGG、GUG、GGU、GGG出现几率与以它们为模板时所测不同氨基酸的掺入率相比较“破译”相应8个半成品密码子实验 [6]，如附表1-2和附表1-3所示，本质上是反应物不同量级上的光年级排列数(尿、鸟、胞、腺在不同分子个数上的选三排列)与生成物不同种类在质量多少上的排列顺序（不同氨基酸所占比率）一一对应，这一对应既不能说明密码子的三联唯一性，又是错误地把几率组合的空间多向性排列描述为平面内直线上的单向排列，所以不符合传统化学上对反应发生实验的描述方式，也严重缺乏排列数计算的周密性。另外，当用生成物（氨基酸分子）按比率配定一一对应反应物（碱基分子）时，Crick没有充分计算密码简并后同一种氨基酸分子在不同密码子上所占的比率，如苯丙∶亮∶异亮∶甘= 2∶6∶4∶4等。所以，这里比率配定的方法破译相应的半成品密码子排列的实验，相当于76只狼（或者白色金鱼）与24只羊（或者红色金鱼）在供有羊肉、麦草等8种食物的一个铁笼子里做共生实验，得到的结果是当2只狼与1只羊在一起时三者共食羊肉；当2只羊与1只狼在一起时，三者共食麦草。其他二核苷酸共聚体配定法所“破译”（U，A）8个密码子、（U，C）8个密码子、（A，C）8个密码子、（A，G）8个密码子和（C，G）8个密码子等实验的排列数结论缺陷与（U，G）相同。
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(五) 用Khorana所合成的有一定重复顺序的多核苷酸链“破译”密码子，犯的是另一类排列数错误，这涉及到化学反应上从反应物到生成物的排列数模型问题。（1）对于给定的P、Q、R三类不同核苷酸分子，当合成为PQRPQRPQR…PQR 共m个碱基构成的长链时，该链中的排列— P—Q—R—、— Q—R—P—、— R—P—Q—与Crick43遗传密码表中的排列PQR、QRP、RPQ大为不同。两者的本质区别在于前者是关于数学集合中元素（分子中的原子和功能基）的排列，后者是关于数学集合（整个分子）的排列。（2）当“…PQRPQRPQR…”为模板反应生出肽链“…aa1--aa1--aa1--aa1…”，“…QRPQRPQRP…”为模板反应生出肽链“…aa2--aa2--aa2--aa2…”，“…RPQRPQRPQ…”为模板反应生出肽链“…aa3--aa3--aa3--aa3…”时，为了迎合Gamow最初提出的43排列，把复杂的化学反应机理简单描述为PQR→氨基酸分子aa1 ， QRP→氨基酸分子aa2， RPQ→氨基酸分子aa3，是将Crick 43遗传密码表中完整独立的氨基酸分子等同于其肽链合成中的反应基，如 — CH3 、—C2H5O、H+ 等，两者在数学排列模型上是完全不同的。（3）从单纯的氨基酸分子合成为肽链反应过程来看，相对于此前早已成熟的肽链合成技术，Khorana在肽链合成过程中掺入核苷酸分子链犹如“脱裤子放庇”。（4）从总反应式x (核苷酸链)→ y ( 肽链)看, Khorana的有序碱基链破译43 密码表中不同三联体字母顺序的方法，是用反应物的有限个反应基在平面直线上排列去规定生成物的一个反应基在平面直线上的具体位置。这一反应机制在自然发生的反应中是不存在的。（5）对于给定的P、Q、R三类不同碱基，当通过不同摩尔数配定比率的方法与Khorana的有重复顺序的多核苷酸链方法一起得出密码子的氨基酸意义破译结论时，只是简单地对反应结果做了归纳，而没有从反应机理上找到两者间在排列数模型上的对应通道，所以，两种方法混用的排列数结果并不可靠。(6)对“PQR PQR PQR PQR PQR”长链，Khorana不限定该链的长度，或从P读起，或从Q读起，或从R读起，实际上等于是把排列 123 与排列1231、排列12312视为相同；而将PQR PQR PQR PQR 长链作用生出aa1—aa1—aa1—aa1—aa1读作5个 PQR→aa1,无疑于是把花费123 123 123 123 123元钱买下的美国五角大楼，解读为5个“花费123元买下美国五角大楼的一角”。
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（六）1964年，Nirenberg发现的“在无细胞蛋白质合成的情况下，三核苷酸能促进特异的t RNA分子与核糖体结合”，使得密码子破译实验从反应物到生成物的真实排列数模型一下子从原来的光年数量级演变成了光年数量级的光年数量倍。43 密码表在不考虑t RNA的发现引起密码表模型变化情况下，用该方法破译出大约50种密码子显然是回避化学分子关于其编号原子排列数模型的必然错误。
（七）各种实验体系中，针对DNA链的顺序问题和蛋白质链的顺序问题，都直接地把真实核苷酸分子长链关于不同核苷酸分子的空间构造简化为腺、鸟、胞、尿四个功能基团在平面内直线上的排列，而把真实肽链关于不同氨基酸单位的空间构造简化为“H-”、“CH3-”、“C3H7-”等20个侧基在平面内直线上的排列，等于是把 110 112 114 116 118 这类由10个“1”、1个“0”、1个“2”、1个“4”，1个“6”，1个“8”组成的615 个15位数（排列）一下子变
成了 02468 这个由1个“0”、1个“2”、1个“4”、1个“6”、1个“8”共5个数组成的55 个5位数字（排列），排列数变少了，排列数的意义也变了。
综合本节各个论述点，可以看到针对Gamow 43遗传密码表的“密码子破译”实验事件，实际上是把实验室里腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶四个真实的碱基分子和腺核苷酸、鸟核苷酸、胞核苷酸、尿核苷酸四个真实分子等同于Gamow所说的平面内A、G、C、U四个代号字母，利用实验上娴熟的合成肽链的技术，制造了多种体系的由DNA分子合成蛋白质（肽）链的反应发生事件。由于化学反应上，从反应物到生成物的排列模型没有建立，从编号原子到真实分子的排列数模型也没有建立，所以，所有反应发生事件在论证Gamow 的遗传密码表所排64个密码子过程中，都没有切实地用排列数方法对反应发生过程进行详细而正确的计算，而只是用生成物的氨基酸结果证明了这样的反应可以发生。所以，这样的实验是不证明43 排列的。
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五、应用体系上的错误
43 遗传密码表应用体系上的全部错误在于：用一步（个）排列数计算替代无穷多步（个）排列数计算，通过步步（个个）错误的排列数计算（无穷多次显性排列错误的挑选相应的隐性排列），造成DNA链的固有信息步步失真描述，最后把DNA链的固有信息演变成了蛋白质链上甘、丝等具体氨基酸分子的信息。以排列数方法计算香港赵、钱、孙、李四大歌星的现场演唱会经发射塔、无线电信道、接收天线等多个步骤传递给北京20户人家的电视屏幕为例，考察发现Crick 所排43 遗传密码表在解决DNA分子和蛋白质分子间关系上的应用，首先是将DNA链的r维空间几何体（螺旋结构）未经排列数计算，失真表达为平面内直线上的排列结构；接下来又未经排列数计算，将DNA链平面内4m 模型的排列失真表达为43 模型下64个排列的首尾相连；转录时仍未经排列数计算，直接用mRNA的U替换DNA 的T，将平面内DNA的A、G、C、T的43 模型失真表达为mRNA的A、G、C、U的43 模型；翻译时，还未经排列数计算，直接用t RNA的氨基酸分子对应mRNA上的三核苷酸链，将mRNA的信息失真表达为t RNA上的氨基酸分子；肽链合成时，也未经排列数计算，将t RNA上的氨基酸分子信息失真表达为核糖体上某个具体的空间位置。就这样，通过步步失真表达（错误的排列数计算），将真实DNA链上的三核苷酸分子变成了蛋白质（肽）链上的一个空间位置；或者说，把DNA链上某三相邻核苷酸所在的位置演变成了蛋白质（肽）链上的某个空间位置上的具体氨基酸分子。这相当于样例中，香港四大歌星的现场演唱会用密码表的排列数方法传递到北京20户人家的电视屏幕时，经4大歌星的排列数与北京20台电视机一一对应的密码表指导造成步步失真传递后，变成了北京20户人家的电视机屏幕！
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43 密码表在应用中的主要错误具体表现在以下几个方面：
（一）做为43 密码表应用的理论支撑的“中心法则”（Crick ,1971)，如下图所示，有着自身独立的复杂的化学路径的排列数模型。
